学院的前身可溯源至1941年建立的南京特别市立第一职业学校，1947年从该校分离出来成立南京市农业职业学校独立办学；中华人民共和国成立后经专业调整，学校数易校名，1953年更名为江苏省南京林业学校，并于1954年建立林业部南京林业学校；1994年9月，改建为林业部南京人民警察学校；2000年3月，升格为南京森林公安高等专科学校；2010年3月，升格为南京森林警察学院。